Omicshare动态KO富集分析工具来了

来源: | 浏览量:221 次 | 发布时间:2019-08-16 02:08

在转录组分析时,获得差异基因之后,我们通常需要讨论这些基因所富集的功能,而最常见的,就是GO和KEGG富集分析了。通过富集分析,可以帮助我们将生物过程中关键的通路凸显出来,便于我们进一步缩小差异基因的范围。


这么重要的分析,怎么能没有一款简单好用的工具呢,自Omicshare云平台提供富集分析工具以来,KO富集分析和GO富集分析就牢牢的占据了使用热榜的第二和第三,而前段时间我们推出的动态GO富集分析工具(戳这里),一经推出,也受到了热烈欢迎。


因此,我们又加紧推出了动态KO富集分析工具(工具地址:
http://www.omicshare.com/tools/home/report/koenrich.html)。可能有同学要提问了,原先的富集分析工具已经很好用了,新的动态富集工具又有什么优势呢?那就跟我们一起来看看吧:


1)增加富集结果展示内容


常规的富集结果,通常是一张富集总表和一张对应的富集图,往往无法满足发表文章的需求。而我们的动态富集工具,不但提供结果统计表便于筛选,还会另外提供三种富集结果图,种类丰富,任君选择,是不是非常的贴心呢?

 

图1.富集结果展示


2)快速进行查找和筛选


当做完富集分析后,我们可能会重点关注某些pathway或基因的富集情况,或筛选富集显著的pathway(通常为FDR值小于0.05的通路),如果是用excel进行人为筛选,可能会有遗漏或者弄错。因此,为了方便大家对富集结果筛选,“结果统计表”可以根据pathway或Gene ID进行查找,从而快速将目标pathway或基因找出;也可以对Pvalue或FDR的数值进行筛选,迅速将显著的pathway挑选出来。


除了查找和筛选之外,我们还设计了基因集生成功能,当我们将目标pathway挑选出来后,可以一步生成并下载属于这些pathway中的基因列表,使我们挑选目标基因更加方便。

 

图2. 查找与筛选功能


3)自由调整参数,定制图表的绘制


在富集结果展示中,我们常常遇到各种各样的问题,如富集结果太少,top20的通路中有7,8个都富集不显著,放在文章中不够美观;又或者想重点突出的pathway排名不够前,湮灭在众多通路之中,等等诸如此类的问题。


在没有遇到动态富集工具前,我们可能需要不停的手动修改,通过更换基因集、差异阈值或富集显著性阈值等方法来获得最佳结果。


不过这些问题遇到了我们的动态富集工具,都可以迎刃而解。“显著性柱状图”和“显著性气泡图”这两种图都能够进行个性化绘制图形,可以自由选择P值或者FDR值进行绘图,也可以挑选任意前N个pathway,轻松解决富集结果太少或太多的问题;除此之外,还可以通过下方的统计表中进行勾选,将不需要的通路去掉,轻而易举的将目标pathway凸显出来,so easy~


图3.定制图表绘制


4)添加图形美化功能


通过调整后的富集结果图,还能更加美观,对于颜色、字体大小、字体内容的调整,可以获得最终符合心里预期的图形。除此之外,还可以下载png格式的位图和svg格式的矢量图,满足发文章的各种要求,简直不能更贴心了~

 

图4.图形美化

 

通过动态富集分析工具,可以快速的帮助我们进行数据的挖掘和探索,在不断的尝试后获得最满意的富集结果,这就是新工具的优势所在。除了静态和动态的富集工具,我们还有更好更强大的Omicsmart在线报告,不但包含了动态富集功能之外,还有动态差异分析、趋势分析、韦恩图等等功能,感兴趣的小伙伴们可以登录 www.omicsmart.com 或者咨询当地销售进行深入了解。

 

另外,关于转录组分析,基迪奥在10月份开展在线课堂,针对组学文章套路与数据挖掘技巧进行深入讨论,从原理到常见问题,再到实操,逐一为大家介绍,感兴趣的小伙伴们可识别二维码加入Omicsmart交流群哦!


                                  

 



本文永久链接:http://www.twighlightsex.com/o-contents-1648486.shtml

1.本站遵循行业规范,任何转载的稿件都会明确标注作者和来源;
2.本站的原创文章,请转载时务必注明文章作者和来源,不尊重原创的行为我们将追究责任;
3.作者投稿可能会经我们编辑修改或补充。